Bước sang năm 2026, môi trường Hải quan và Logistics Việt Nam đã không còn đơn thuần là câu chuyện xử lý hồ sơ xuất nhập khẩu. Những thay đổi liên tiếp về chính sách, thuế, quản lý rủi ro và phương thức giám sát trong giai đoạn 2025 – 2026 đã tạo ra một bối cảnh mới, trong đó hải quan trở thành một phần cấu thành của năng lực vận hành chuỗi cung ứng, chứ không còn là khâu cuối cùng mang tính thủ tục.

Đối với doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) đang sản xuất, kinh doanh hoặc thiết lập hệ thống logistics tại Việt Nam – việc không kịp nhận diện và thích ứng với những thay đổi này có thể dẫn tới rủi ro pháp lý, chi phí phát sinh và gián đoạn vận hành ở quy mô lớn.

Bức tranh tổng thể năm 2026: Hải quan & logistics trong một “luật chơi” mới

2026 – Năm bản lề của quá trình tái cấu trúc môi trường hải quan và logistics

Nếu như ở giai đoạn năm 2024 nhiều doanh nghiệp vẫn tiếp cận với hải quan theo tư duy “xử lý tình huống”, thì từ năm 2025, và rõ nét hơn trong năm 2026, môi trường quản lý đã chuyển sang: 

• Quy chuẩn pháp lý rõ ràng hơn
• Giám sát dựa trên dữ liệu và lịch sử tuân thủ
• Hậu kiểm mở rộng, thay vì chỉ tập trung vào thời điểm thông quan
• Liên thông chặt chẽ giữa hải quan – thuế – kho bãi – vận tải – kiểm tra chuyên ngành

Điều này khiến vai trò của logistics và hải quan dịch chuyển từ tác nghiệp sang chiến lược trong cấu trúc vận hành doanh nghiệp.

Vì sao doanh nghiệp FDI chịu tác động mạnh hơn?

So với doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp FDI thường:

• Vận hành chuỗi cung ứng đa quốc gia
• Áp dụng mô hình mua – bán, gia công, chuyển giao nội bộ phức tạp
• Phụ thuộc nhiều vào ưu đãi thuế, FTA, xuất xứ hàng hóa
• Có yêu cầu cao về tiến độ và tính ổn định của logistics

Do đó, bất kỳ thay đổi nào về chính sách hải quan, thuế hoặc quản lý kho – vận chuyển đều tác động trực tiếp đến chi phí và khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp FDI tại Việt Nam.

Sự thay đổi từ 2025 sang 2026: Không chỉ là sửa luật, mà là đổi cách quản lý

Hoàn thiện khung pháp lý về hải quan và thuế xuất nhập khẩu

Trong giai đoạn 2025 – 2026 đã ghi nhận hàng loạt các văn bản pháp lý quan trọng của Nhà nước như: 

• Luật sửa đổi, bổ sung một số luật liên quan đến hải quan và thuế
• Nghị định sửa đổi về thủ tục hải quan, giám sát, quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu
• Thông tư hướng dẫn chi tiết về khai báo, kiểm tra, thu thuế và quản lý dữ liệu hải quan

Điểm đáng chú ý ở đây không nằm ở từng điều khoản riêng lẻ, mà ở tính đồng bộ và liên thông của hệ thống pháp luật. Những “vùng xám” từng tồn tại trước đây – nơi doanh nghiệp có thể linh hoạt xử lý theo thực tiễn – đang dần được chuẩn hóa.

Minh định các mô hình giao dịch từng gây nhiều tranh cãi

Một trong những thay đổi quan trọng nhất là việc đưa các mô hình giao dịch đặc thù (như xuất nhập khẩu tại chỗ, giao nhận theo chỉ định của thương nhân nước ngoài, gia công – sản xuất xuất khẩu phức hợp) vào khuôn khổ pháp lý rõ ràng hơn.

Điều này kéo theo:

• Nghĩa vụ khai báo đầy đủ cả chiều xuất và chiều nhập
• Yêu cầu hồ sơ chặt chẽ hơn về hợp đồng, hóa đơn, chứng từ vận chuyển
• Liên kết trực tiếp với chính sách thuế GTGT, thuế xuất nhập khẩu

Đối với doanh nghiệp FDI, đây là thay đổi mang tính hai mặt:

• Tích cực, vì quyền lợi (như VAT 0%, ưu đãi thuế) được bảo vệ rõ ràng hơn
• Thách thức, vì sai sót nhỏ trong hồ sơ cũng có thể dẫn tới truy thu, xử phạt

Dịch chuyển mạnh sang quản lý rủi ro và hậu kiểm

Từ 2025 sang 2026, trọng tâm quản lý của cơ quan hải quan không còn nằm hoàn toàn ở thời điểm thông quan. Thay vào đó:

• Phân luồng dựa trên lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp
• Tăng cường hậu kiểm tại doanh nghiệp, nhà máy, kho
• Kiểm soát xuyên suốt từ nhập khẩu nguyên liệu → sản xuất → xuất khẩu

Điều này khiến khái niệm “thông quan xong là xong” không còn phù hợp. Một lô hàng có thể thông quan thuận lợi, nhưng rủi ro vẫn tồn tại nhiều tháng sau đó nếu dữ liệu và hồ sơ không nhất quán.

Những điểm thay đổi nổi bật ảnh hưởng trực tiếp đến doanh nghiệp

Giao dịch “On-Spot Import/Export” — từ vùng xám đến minh định pháp lý

Trước 2025, mô hình giao nhận hàng on-spot hoạt động trên nền tảng thực tiễn thị trường nhưng thiếu cơ sở pháp lý rõ ràng. Điều này dẫn đến:

• Rủi ro tuân thủ thuế VAT và khai báo hải quan,
• Tranh luận về quyền lợi thuế và thời điểm xác định thuế suất.

Từ 1/7/2025, luật đã chính thức đưa mô hình này vào phạm vi quản lý của Luật Hải quan và Luật Thuế GTGT, đồng thời yêu cầu khai báo đầy đủ cả hai chiều xuất — nhập và tuân thủ giám sát của cơ quan hải quan.

Ảnh hưởng lớn đối với doanh nghiệp FDI:

• Bắt buộc tuân thủ đầy đủ nghĩa vụ hồ sơ — nếu không có thể bị phạt hoặc truy thu,
• Cơ hội hưởng ưu đãi thuế VAT 0% được bảo đảm khi tuân thủ đúng quy định.

Cải cách thủ tục qua dữ liệu điện tử và quản lý rủi ro

Từ 2025 tới 2026, hải quan Việt Nam tăng cường đòi hỏi:

• Khai hải quan điện tử bắt buộc đối với phần lớn lô hàng,
• Áp dụng quản lý rủi ro trên dữ liệu thay vì kiểm tra ngẫu nhiên với mọi lô hàng,
• Tăng hậu kiểm và giám sát thông tin nghiệp vụ.

Điều này đồng nghĩa với việc:

• Doanh nghiệp cần hệ thống ERP/TMS/khai báo chuẩn xác, nếu không sẽ thường xuyên bị phân luồng đỏ và kiểm tra bổ sung,
• Việc chuẩn hoá dữ liệu doanh nghiệp trở thành trọng tâm của tuân thủ hải quan, không chỉ là “xong thủ tục” nữa.

Siết quản lý nguồn gốc xuất xứ và rủi ro gian lận

Việc phát triển các thủ tục kiểm chứng nguồn gốc, đăng ký mã REX/C/O và kiểm tra phân tích chứng từ theo rủi ro thay vì theo thủ tục bình thường là điểm nổi bật của giai đoạn 2025–2026.

Đối với doanh nghiệp FDI:

• Lô hàng xuất xứ sai lệch có thể bị xử phạt nặng hoặc mất quyền hưởng ưu đãi FTA,
• Doanh nghiệp cần hệ thống kiểm soát chuỗi cung ứng toàn cầu rõ ràng.

Kho bãi trở thành “điểm kiểm soát” của hải quan

Kho ngoại quan, kho CFS, kho trung chuyển, kho TMĐT và kho lạnh không còn đơn thuần là hạ tầng logistics. Trong bối cảnh mới:

• Kho là nơi chịu giám sát hải quan kéo dài
• Dữ liệu tồn kho, luân chuyển hàng hóa có thể được đối chiếu khi hậu kiểm
• Mô hình kho không phù hợp có thể làm tăng rủi ro tuân thủ

Những khó khăn thực tế mà các doanh nghiệp đang phải đối mặt 

Chi phí tuân thủ tăng lên rõ rệt

Một trong những thay đổi lớn nhất từ 2025 sang 2026 là chi phí tuân thủ hải quan và logistics không còn nằm ở một vài khâu riêng lẻ, mà lan tỏa trên toàn bộ chuỗi vận hành.

Trước đây, nhiều doanh nghiệp – đặc biệt là doanh nghiệp FDI mới vào Việt Nam – thường dự trù chi phí hải quan theo cách tương đối đơn giản:

• Phí khai báo,
• Phí dịch vụ logistics,
• Chi phí thông quan.

Tuy nhiên, trong bối cảnh 2026, chi phí tuân thủ đã trở thành một cấu phần cố định của chi phí vận hành, bao gồm:

Thứ nhất, chi phí đầu tư hệ thống CNTT
Hải quan và logistics ngày càng vận hành dựa trên dữ liệu. Doanh nghiệp không thể quản lý thủ công hoặc rời rạc nếu muốn giảm rủi ro. Việc đầu tư hoặc nâng cấp:

• Hệ thống ERP để quản lý mua hàng – sản xuất – bán hàng,
• WMS để quản lý tồn kho, luân chuyển,
• TMS để kiểm soát vận tải và chứng từ đã trở thành yêu cầu gần như bắt buộc đối với doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu quy mô trung bình trở lên.

Vấn đề là những chi phí này thường không được phản ánh đầy đủ trong giai đoạn lập kế hoạch đầu tư ban đầu, khiến nhiều doanh nghiệp FDI rơi vào thế bị động sau khi đi vào vận hành.

Thứ hai, chi phí nhân sự chuyên trách.
Trong môi trường pháp lý cũ, doanh nghiệp có thể phụ thuộc lớn vào đơn vị dịch vụ bên ngoài. Nhưng từ 2026, khi:

• Hậu kiểm tăng,
• Yêu cầu giải trình chuyên sâu hơn,
• Trách nhiệm pháp lý gắn trực tiếp với doanh nghiệp,

việc xây dựng đội ngũ nội bộ hiểu về hải quan, thuế và logistics trở nên cần thiết. Điều này đồng nghĩa với:

• Chi phí tuyển dụng nhân sự chất lượng cao,
• Chi phí đào tạo liên tục để theo kịp chính sách.

Thứ ba, chi phí tư vấn và hỗ trợ chuyên sâu.
Không phải doanh nghiệp nào cũng đủ năng lực tự xử lý các tình huống phức tạp như:

• Giao dịch xuất nhập khẩu tại chỗ,
• Chuỗi cung ứng đa quốc gia,
• Xác định xuất xứ cho nhiều dòng sản phẩm,
• Hoặc tái cấu trúc mô hình kho – logistics.

Do đó, chi phí tư vấn pháp lý, thuế, logistics chuyên sâu không còn là chi phí “tùy chọn”, mà trở thành chi phí bảo hiểm rủi ro cho hoạt động kinh doanh.

Rủi ro pháp lý và thuế tiềm ẩn

Một đặc điểm khiến nhiều doanh nghiệp FDI gặp khó trong giai đoạn 2026 là rủi ro không xuất hiện ngay tại thời điểm thông quan, mà thường chỉ lộ diện khi bị kiểm tra sau.

Trong thực tế, các rủi ro thường bắt nguồn từ những sai sót tưởng chừng rất nhỏ:

• Sai hoặc chưa tối ưu mã HS, dẫn đến chênh lệch thuế suất.
• Xác định trị giá tính thuế chưa phù hợp, đặc biệt trong giao dịch nội bộ giữa các công ty liên kết.
• Xuất xứ hàng hóa không đủ cơ sở chứng minh, dù có C/O.
• Hồ sơ giao dịch nội bộ thiếu nhất quán giữa hợp đồng, hóa đơn, chứng từ logistics và dữ liệu kế toán.

Trong giai đoạn trước, nhiều sai lệch như vậy có thể “trôi qua” do cơ chế kiểm soát chủ yếu tập trung vào hồ sơ tại cửa khẩu. Nhưng từ 2025–2026, với việc mở rộng hậu kiểm, cơ quan hải quan có thể:

• Rà soát lại toàn bộ chuỗi giao dịch trong nhiều năm,
• Đối chiếu dữ liệu từ nhiều nguồn khác nhau,
• Yêu cầu doanh nghiệp giải trình chi tiết logic giao dịch và định giá.

Hệ quả là:

• Truy thu thuế với số tiền lớn,
• Xử phạt hành chính, thậm chí ảnh hưởng đến xếp hạng tuân thủ của doanh nghiệp,
• Kéo theo việc bị kiểm tra thường xuyên hơn trong các lô hàng tiếp theo.

Đối với doanh nghiệp FDI, rủi ro này không chỉ mang tính tài chính, mà còn ảnh hưởng đến:

• Uy tín với công ty mẹ,
• Kế hoạch mở rộng đầu tư tại Việt Nam,
• Và cả chiến lược chuỗi cung ứng khu vực.

Đứt gãy vận hành do không đồng bộ logistics – hải quan – tài chính – sản xuất

Một khó khăn mang tính hệ thống mà nhiều doanh nghiệp chỉ nhận ra khi đã vận hành là sự thiếu liên kết giữa các bộ phận nội bộ.

Trong thực tế, không ít doanh nghiệp vẫn tổ chức theo mô hình:

• Bộ phận logistics lo vận chuyển và kho bãi,
• Bộ phận hải quan xử lý hồ sơ khai báo,
• Bộ phận tài chính – thuế quản lý chi phí và hóa đơn,
• Bộ phận sản xuất tập trung vào tiến độ và định mức.

Mỗi bộ phận hoạt động theo KPI riêng, nhưng thiếu một “ngôn ngữ chung” về tuân thủ và dữ liệu.

Trong bối cảnh 2026, sự tách rời này dễ dẫn tới:

• Dữ liệu không nhất quán giữa khai báo hải quan và kế toán,
• Kế hoạch sản xuất không khớp với lịch nhập nguyên liệu,
• Hàng hóa bị ách lại tại kho hoặc cửa khẩu do thiếu hoặc sai chứng từ,
• phát sinh chi phí lưu kho, lưu container, phạt chậm giao hàng.

Đặc biệt với doanh nghiệp FDI, nơi chuỗi cung ứng thường kéo dài qua nhiều quốc gia, chỉ một điểm nghẽn nhỏ trong khâu logistics – hải quan cũng có thể làm gián đoạn toàn bộ kế hoạch sản xuất khu vực.

Vấn đề cốt lõi không nằm ở năng lực của từng bộ phận, mà ở việc doanh nghiệp chưa tổ chức được một hệ thống vận hành thống nhất, trong đó hải quan và logistics được xem là một phần của chiến lược sản xuất – kinh doanh, chứ không phải là chức năng hỗ trợ đơn thuần.

Giải pháp chiến lược cho doanh nghiệp đầu tư và vận hành tại Việt Nam 

1. Tiếp cận hải quan như một phần của chiến lược vận hành

Doanh nghiệp cần thay đổi tư duy:

• Không xử lý hải quan theo từng lô hàng
• Mà quản lý hải quan theo toàn bộ vòng đời chuỗi cung ứng

Điều này bao gồm:

• Chuẩn hóa dữ liệu từ hợp đồng – mua hàng – sản xuất – logistics
• Thiết kế quy trình phù hợp với quy định hiện hành

2. Tối ưu cấu trúc logistics và kho bãi 

Giải pháp thực tế:

• Lựa chọn mô hình kho phù hợp với loại hình XNK
• Tận dụng kho ngoại quan, ICD, kho trung chuyển đúng cách
• Kết nối kho với hệ thống khai báo và quản lý hải quan

3. Hợp tác với đối tác logistics và tư vấn chuyên sâu

Trong bối cảnh pháp lý phức tạp hơn, doanh nghiệp FDI khó có thể tự xử lý mọi vấn đề nếu thiếu kinh nghiệm tại thị trường Việt Nam. Việc hợp tác với các đơn vị logistics có năng lực tuân thủ hay các đơn vị tư vấn am hiểu hải quan, thuế, kho bãi giúp doanh nghiệp:

• Giảm rủi ro
• Tối ưu chi phí
• Rút ngắn thời gian thích nghi

2026 – Môi trường minh bạch hơn nhưng cũng khắt khe hơn

Môi trường hải quan và logistics Việt Nam năm 2026 đang bước vào giai đoạn:

• Minh bạch hơn
• Chuẩn hóa hơn
• Dựa trên dữ liệu và tuân thủ hệ thống

Đối với doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp FDI, đây không còn là câu chuyện “làm thủ tục nhanh hay chậm”, mà là năng lực tổ chức, quản trị và vận hành chuỗi cung ứng trong một khung pháp lý mới.

Những doanh nghiệp chủ động thay đổi sẽ biến tuân thủ thành lợi thế cạnh tranh. Ngược lại, sự chậm trễ có thể khiến chi phí logistics tăng cao, rủi ro pháp lý tích tụ và mất dần ưu thế tại thị trường Việt Nam.

LIÊN HỆ CHÚNG TÔI